除了淋球菌以外，由其他病原体引起的尿道炎统称为非淋菌性尿道炎（NGU。或称，非特异性泌尿生殖系统感染）。它是当今国内、国外最常见的性传播疾病之一，也可能与淋病并发或交叉感染。好发于青、中年性旺盛期，25岁以下占60%。男性可合并附睾炎，附睾肿大，发硬且有触痛，有的还可合并睾丸炎，前列腺炎等。女性可并发官颈炎，宫颈炎症和糜烂，分泌物增多，阴道及外阴瘙痒，盆腔炎，输卵管炎，患者下腹部不适，月经异常，可导致异位妊娠，流产及不育症等。如不治疗，衣原体等病原生物可侵入子宫和输卵管，引起盆腔炎症，最后导致输卵管疤痕性疼痛，而造成女性不孕症。病原体也可侵犯睾丸和附睾而造成男性不育。对于沙眼衣原体引起的尿道炎患者，即使能生育的妇女，生下来的婴儿也难免发生眼、耳部的衣原体感染而死亡。

自60年代中期起，国外人群发病率已经超过淋病。80年代美国每年新发生的病例达300-1000万人，其中1.1万名妇女因本病导致不孕而要治疗。值得注意的是，有30一40％患者在感染后可无明显症状，甚至无症状，成为带菌者。本病直接诊断方法较少而难，临床上也易漏诊，病原体携带者多见，都是造成流行的因素。再有，在美国女大学生中的一份调查资料表明衣原体感染率的升高，与开始性生活的年龄过早，性伴侣的数日较多和不避孕或不用阴茎套，宫颈帽等工具有关，加上西方社会普遍的婚前性生活，离婚，性解放等促成了该病的流行。

目前，通常被称为非淋菌性尿道炎的是指衣原体(占40%-50%)、支原体(占20%-30%)及一些尚不明致病病原体（占10—20％，如阴道毛滴虫，白色念珠茵和单纯疤疹病毒）的尿道炎。这类尿道炎中，已知其病原体的，则称为真菌性尿道炎和滴虫性尿道炎等，而不再包括在非淋菌性或非特异性尿道炎之内。

其主要病原体是沙眼衣原体和解脲支原体。前者占40%-60%，后者占20%-40%。根据许多国家报告，非淋菌性尿道炎中30%-50%，淋病病人中20%和性活动强但无尿道炎症状的人中0.5%，以目前常用的培养方法，尿道分泌物可培养出衣原体。女性病人因多数无症状或仅表现为白带增多等妇科症状，难以确定其发病率，有人估计女性病人可能为男性的4倍。

衣原体为革兰氏阴性病原体，是一种专性细胞内微生物，没有合成高能化合物ATP、GTP的能力，必须由宿主细胞提供，因而成为能量寄生物，是自然界中传播很广泛的病原体。衣原体与病毒不同，它具有两型核酸：DNA和RNA，并以二等增殖法进行繁殖。与立克次体不同，除了不能合成高能化合物外，还在于没有细胞色素，没有呼吸性电子链的其他组分以及独特的发育周期。衣原体的生长发育周期分两个阶段：原生小体(elementary body)，是发育周期的感染阶段；网状小体(initial body)，是在感染细胞内的繁殖阶段。原生小体先附着于易感细胞的表面，然后通过细胞的吞噬作用进入细胞内，形成网状小体在细胞内繁殖，以后形成包涵体，同时对组织产生炎症变化而引起一系列的临床症状。衣原体的全部生长发育约48小时（有的72小时），完成生长周期后，网状小体重新组织，在一对一的基础上缩合成原生小体，后者从空泡中释放再感染其他细胞。在整个约48小时的生长发育周期中，衣原体始终处于一个吞噬体中，直到细胞严重损伤和细胞死亡。原生小体在电镜下呈球形，直径200-300毫微米，DNA紧密连接并呈锥状电子密度。分子量6-11*105，明显小于细菌和立克次体，相当于支原体，是大的痘病毒的3-5倍。网状小体呈圆形或椭圆形。

衣原体属有两个种：沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)和鹦鹉热衣原体。后者引起禽类疾病，偶尔波及到人；前者引起人类疾病。两者具有共同的组抗原——脂多糖复合物。两者的区别是沙眼衣原体的包涵体中含有糖元，碘染色可以着色，并对磺胺敏感；而鹦鹉热衣原体的包涵体中不含有糖元，对磺胺不敏感。通过微量免疫荧光法，沙眼衣原体又分为 15个血清型。其中，A、B、Ba、C血清型是沙眼的病原体；L1、L2、L3血清型是性病性淋巴肉芽肿（第四性病）的病原体；D、E、F、G、H、I、 J、K8血清型引起生殖系统感染和散发的结膜炎。除L1、L2、L3以外，其余毒力较低，易感染结膜组织，特别是柱状上皮细胞。

解脲支原体(ureaplasma ure-alyticum)是一种原核微生物，呈球杆状，大小为125-250毫微米，分子量4.5*108，高度多形性，没有坚硬的细胞壁，能在无细菌的培养物中增殖，能产生尿素分解酶分解尿素。特异性抗体能抑制它生长，因其缺乏坚硬的细胞膜，对青霉素耐药，对细胞膜有亲和性，生长繁殖时需要类固醇物质。四环素、红霉素、壮观霉素对之有效。现已从人类泌尿生殖道分离出来7种支原体，其中分离率较高而与泌尿生殖道疾病有关，是分解尿素支原体，其次是人型支原体。婴儿或无性交接触的女性生殖道内找不到分解尿素支原体。而性生活越乱，这种支原体阳性率也越高。Mc Donald 1982年报告587例急性尿道炎症状病人中，209例(36%)中段尿中分离出分解尿素支原体。

人型支原体(mycoplasma hominis)支原体对外界环境抵抗力弱，45℃15min即可被杀死。对肥皂、酒精、四环素、红霉素敏感。

其他如阴道滴虫、单纯疱疹病毒和白色念珠菌等，可能是少数非淋菌性尿道炎的病原体。